我们知道所谓DNA文库(DNA library)是指，来自特定生物有机体基因组的全部DNA片段之每一条片段，都与克隆载本单独形成重组分子，此种包含有该特定生物有机体之全部DNA片段的重组克隆分子的集合体，称做DNA文库。简言之，是生物有机体的基因组DNA片段化之后形成的成千上万的DNA片段都被同一克隆载体所克隆。因此生物有机体的全部遗传信息通过基因文库(DNA文库)中的各种克隆得到了保存与体现，犹如书库保藏着人类的全部知识一样。

由此可见，基因克隆与分离的头一步就必须对基因组DNA进行片段化。

(1)核酸内切限制酶的切割法

真核基因组DNA经核酸内切限制酶消化之后不进行凝胶电泳分部分离而直接与克隆载体重组，这种克隆方法，在早期研究中使用过，特称为“鸟枪法(shotgun approach)”。

缺点:

①形成的重组体分子，实际上是一群带有不同大小的插入片段的重组载体的混合群体。造成目的基因筛选困难、工作量大、费时、费力、费钱。

②有些目的基因的核苷序列中可能会存在一个甚至数个限制酶识别位点。因此，克隆的目的基因有可能被切成若干片段。

③产生的有些片段可能太大，有些片段又可能太小，因此有些基因无法被克隆，形成不完全的基因库。

(2)机械切割法

构建DNA文库最好使用随机片段化的方法制备DNA的克隆片段。机械切割法和限制酶局部消化法处理基因组DNA，都可以产生出随机片段化的DNA克隆片段群体；

机械切割的标准状况是：1500转/分搅拌器中高速搅拌，30分钟便可将DNA分子切成平均长度8kb的分子群体。

(3)限制酶局部消化

用来产生DNA克隆片段的限制酶，必须考虑到它对DNA序列应该具有最佳的识别位点分布规律。例如选用l噬菌体载体构建基因文库，就不能够承载大小25Kb的EcoRI片段，在这种情况下最好选用识别序列为4bp的Sau3A、HaeⅢ以及AluI等限制酶。

(4)DNA片段的大小分部

*蔗糖密度梯度离心——除去不适于克隆的过大或过小的DNA片段；

*琼脂糖凝胶电泳——此法可以在很窄的范围内获得高纯度的某种DNA片段，或是大小同源的DNA片段。此法的缺点是，琼脂糖的污染有时会抑制尔后的酶催反应。

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