生物发酵其实也是生物氧化的一种方式，根据生物自身所具有的反应机制，可以在特定部位专门且高选择性地氧化、还原等复杂化合物，也可以生成相对复杂的高分子化合物。在生物发酵工程中预防和治疗杂菌污染非常重要。在使用生物发酵设备时需要进行严格的消毒处理和空气过滤，发酵反应要在无菌的环境下进行作业。细菌受到污染不仅会造成生产上的巨大经济损失，感染的细菌也会对发酵产生很大危害。所以维持无菌状态是发酵成功的关键。菌种是微生物发酵的基本，一般利用发酵罐通过菌种筛选和变异可以得到高产优良菌种，充分利用生物发酵设备，可以得到传统方法难以生产的生物制品。市场中根据投资性价比来说，工业发酵行业具有投资较少，效果较快的特点，在技术条件成熟的情况下，一般会后获得较高的经济效益。

因此，近些年来，工业发酵及生物发酵工程越来越引起人们的广泛关注。现代发酵工程工艺技术与以往的相比，也有着很大的改善，除了应用微生物进行发酵以外，目前还可以使用动植物细胞、酵素，来培养制作菌种发酵。当然，现代生物发酵工程技术采用的生物发酵设备不仅仅是通常的发酵罐，还被各种各样的生物反应器所代用。自动化的连续性普遍较高，这也是发酵工艺技术水平上的一种革新。目前的发酵类型也逐渐呈现多样化，由先前的技术含量较低的固体发酵到现在的深层液体发酵。比如：抗生素发酵、氨基酸发酵、维生素发酵等利用微生物发酵特征或微生物发酵反应产物所进行的深层发酵技术。

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