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DNA 限制性内切酶(简称限制酶)是一类能识别并切割双链 DNA 特定核苷酸序列的酶,广泛应用于基因克隆、分子标记、基因编辑等分子生物学实验中。以下是一些常见的限制酶及其主要用途:
一、常见的限制性内切酶及特性
1. EcoRI
识别序列:5'-GAATTC-3'(切割后产生 5' 粘性末端:-G 和 AATTC-)
来源:大肠杆菌(Escherichia coli RY13)
用途:
基因克隆中常用的工具酶,用于切割载体和目的基因,产生互补粘性末端以便连接。
构建基因组文库或 cDNA 文库时的酶切处理。
2. HindIII
识别序列:5'-AAGCTT-3'(切割后产生 5' 粘性末端:-A 和 AGCTT-)
来源:流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae Rd)
用途:
与 EcoRI 类似,常用于载体和目的基因的酶切,构建重组质粒。
用于 DNA 片段的限制性长度多态性(RFLP)分析,辅助基因定位或亲子鉴定。
3. BamHI
识别序列:5'-GGATCC-3'(切割后产生 5' 粘性末端:-G 和 GATCC-)
来源:淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens H)
用途:
广泛用于基因克隆中的酶切连接,尤其适用于构建表达载体。
用于 DNA 甲基化分析(部分甲基化位点会抑制其切割活性)。
4. XhoI
识别序列:5'-CTCGAG-3'(切割后产生 5' 粘性末端:-C 和 TCGAG-)
来源:潮霉素链霉菌(Streptomyces xanthus)
用途:
常用于真核表达载体的构建(如与载体上的 XbaI 等酶切位点配合)。
因切割产生的末端与 SalI(识别 GTCGAC)互补,可实现不同酶切片段的连接。
5. PstI
识别序列:5'-CTGCAG-3'(切割后产生 3' 粘性末端:-CTGCA 和 G-)
来源:普罗威登斯菌(Providencia stuartii 164)
用途:
用于质粒载体的酶切(如 pBR322 的经典酶切位点)。
在基因克隆中,3' 粘性末端可减少自身环化概率,提高重组效率。
6. Sau3AⅠ
识别序列:5'-GATC-3'(切割后产生 5' 粘性末端:-G 和 ATC-,与 BamHI 末端互补)
来源:金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus 3A)
用途:
因识别 4 碱基序列(切割频率高),常用于基因组 DNA 的随机片段化,构建小片段文库。
可与 BamHI 切割的载体连接(末端互补),增加克隆灵活性。
7. SmaI
识别序列:5'-CCCGGG-3'(切割后产生平末端:-CCC 和 GGG-)
来源:粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens Sb)
用途:
用于产生平末端的 DNA 片段,适用于平末端连接(如不同来源的平末端片段拼接)。
因平末端连接效率较低,常需配合 T4 DNA 连接酶使用。
8. NotI
识别序列:5'-GCGGCCGC-3'(切割后产生 5' 粘性末端:-GCGGCC 和 GC-)
来源:诺卡氏菌(Nocardia otitidis-caviarum)
用途:
识别 8 碱基序列(切割频率低),常用于大片段 DNA 的酶切(如人工染色体载体 BAC、YAC 的构建)。
用于保留目的基因完整序列(避免内部被频繁切割)。
二、限制酶的分类及选择依据
限制酶按切割方式可分为粘性末端酶(如 EcoRI、HindIII)和平末端酶(如 SmaI),选择时需考虑:
目的基因和载体上的酶切位点是否匹配(避免切割目的基因内部)。
末端类型(粘性末端连接效率高于平末端)。
酶切条件(如温度、缓冲液)是否兼容(多酶切时需选择通用缓冲液)。
三、延伸应用
除上述基础用途外,限制酶还用于:
基因编辑验证:切割 CRISPR/Cas9 编辑后的 DNA,通过电泳检测是否成功插入 / 缺失片段。
甲基化分析:部分酶(如 HpaII)对甲基化位点敏感,可用于检测 DNA 甲基化状态。
选择时需结合实验需求(如片段大小、连接效率)和酶的特异性,参考供应商提供的酶切位点图谱和反应条件。
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