CHO 细胞系基因组本身具有不稳定性。通常，中国仓鼠体细胞的染色体为 11 对22 条，而中国仓鼠卵巢细胞的染色体则发生了大面积不稳定重排重组现象，不同细胞系染色体的数目也不恒定。基因组的不稳定性，主要表现在其染色体层面上的拷贝数变异。