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PCR仪在生命科学及医学研究实验室中广泛使用，荧光定量PCR实验法的普遍应用不仅仅表现在基因扩增方面，在以下实验中也发挥着重要作用。

一、分子生物学研究方面 

1、核酸定量分析 通过核酸的定量扩增，从而达到病原微生物分析检测的目的。比如通过咽拭子采集样本，进行样本PCR扩增的方式定向分析检测流感病毒等。
2、基因表达差异化分析 通过 荧光定量PCR法来比较经过不同样本间的基因表达差异。为下游实验提供充分的实验数据。

3、SNP 检测：荧光定量分析实验中常用TaqMan探针法即针对DNA 货RNA上不同SNP位点进行独立的PCR引物设计和TaqMan探针设计 ，再进行荧光PCR扩增、荧光PCR分析从而判别单核苷酸的多态型对特定药物的反应 ，或单碱基多型等差异研究。

4、甲基化检测 基因中的甲基化通常会抑制基因表达所以与生物体的生长发育调控有着密切的关系。比如受甲基化影响所造成的肿瘤类疾病。而在 DNA修饰中通过去甲基化，在不改变基因序列的前提下，重新活化及基因表达，减少肿瘤细胞形成概率。通过电泳检测MSP扩增产物，利用荧光应定量PCR 分析法对甲基化DNA链的引物片段进行PCR扩增可检测到甲基化的存在位点。

二、医学研究领域
在医学研究方面荧光定量PCR常被应用在产前诊断，比如：医学产检过程中通过从孕妇的外周血液中分离出胎儿DNA， 用实时 荧光定量PCR的方法检测染色体遗传类疾病是产前遗传病筛查的有效手段。另外，病原体检测、药效测试、肿瘤基因分析等方面也同样离不开荧光定量PCR实验分析法。

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