13年专注生物实验室仪器设备&耗材综合供应

0512-6295610418934597460

阿尔法累计赢得1000+企业的信赖和认可

降低二代测序 -NGS成本的方法

作者: 苏州阿尔法 编辑: 阿尔法生物 来源: 苏州阿尔法生物 发布日期: 2022.03.15
信息摘要:
随着成本稳步下降,二代测序 NGS变逐渐增多,但如果经常使用,它仍然是一种成本昂贵的工具。其实在实验室中,掌控好以下几个环节也是可以节省 N…

随着成本稳步下降,二代测序 NGS变逐渐增多,但如果经常使用,它仍然是一种成本昂贵的工具。其实在实验室中,掌控好以下几个环节也是可以节省 NGS 的总体成本的。这里提供一些关于降低二代测序 -NGS成本的方法可供参考。

1. 样品质量控制

样本的质量直接关乎到二代测成本,质量较差的样本,会间接增加测序步骤和处理时间所以,降低成本的简单方法之一是从样品提取开始,通过部署于样品类型和目标核酸的样品纯化方法,确保用于下游分析的核酸纯度和产量。NGS文库制备过程中发生的酶促反应对所用样品的数量和质量敏感。因此,量化样本(通过 qPCR荧光定量核酸电泳等方法量化样本是一个重要步骤,尤其是对于具有挑战性的样本,例如固定组织、污染或低丰度样本。

2. 选择正确的文库制备方法

罗氏认为,为预期的下游测序应用选择正确的文库制备方法也是降低 二代测序NGS 成本的主要措施。例如,如果测序目的只是筛选变异基因,那么需要选择对目标基因组编码区域进行富集和测序需要测序样本总量也较少,从而允许每个用于测序运行的流动槽获得样品,这样可以提升生成的数据质量由此节约总体成本。 通过反复试验发现这种策略比全基因组测序成本低,因为全基因组测序需要对每个样本进行复杂的测序。另外文库制备工具包可以帮助您降低成本。选择一种快速、可靠的文库制备方法来制备类似样品类型将减少手动操作时间以及重复失败样品的需要,如果采用了合适的方法,就可以出人员和实验室设备来执行其它复杂的 NGS 。在这个过程中可以使用一些试剂盒以到 PCR 版本无需文库扩增,这样可以节省多时间。

3. NGS样本 QC,文库 QC 和文库池

样本 QC,文库 QC 和文库池是额外的重要措施,如果实施得当,可以帮助降低 NGS 成本。但是,样本库的不正确汇集可能会产生每个样本的序列读取覆盖率可变(不平衡)的测序运行,需要在分析过程中对读取进行生物信息下采样并浪费测序读取,因此,QC 措施有助于确保您对质量较高的文库进行测序,从而降低 NGS 成本。降低二代测序 -NGS成本的方法上面提到的使用 qPCR、荧光法或电泳方法对NGS 文库进行量化是汇集和测序之前的关键步骤在这一步准确控制文库的数量将对测序覆盖深度、样品均匀性和流动池聚类产生积极影响

二代测序

4. 了解测序质量指标

通过了解测序质量和数据分析的指标来优化您的 NGS 工作流程,这有助于提高数据质量。糟糕的测序质量指标将减少测序运行的整体可用数据,这意味着需要额外进行成本昂贵测序,所以,了解数据分析指标有助于研究人员确定实验试剂和工作流程,以生成高质量的数据来回馈实验。

5. 不要过度排序或排序不足

从每次测序读取中获取尽可能多的信息还可以通过避免对您的文库进行过度或不足测序来降低成本。过度测序会导致明显的不必要的浪费。

6.使用多路复用和自动化

尽可能多路复用 NGS 样本是也是节约二代测序NGS的方法之一。这可能需要对索引方案进行一些协调,使用自动化测序的实验室设备有助于消减人工成本及人为错误,虽然购买和优化这样一个系统的前期成本较高,但如果可以容忍费用,那么随着时间的推移,节省的时间、增加的可重复性将抵消初始成本。

7.定期评估工作流程、实验试剂和NGS技术

定期重新评估工作流程、试剂和技术可以节省时间和金钱。您的实验室的样品通量可能会随着时间的推移而增加,一些新型的文库定量试剂盒可提升 NGS 文库制备效率。比如:tiangen系列的TIANSeq 文库定量试剂盒,适用于illumina平台NR102-TIANSeq快速 RNA文库构建试剂盒等。

苏州阿尔法生物十三年专注于生物实验室设备及实验室耗材供应,PCRNGS相关产品包括PCR仪器、快速PCR仪、荧光定量PCRNGS试剂盒、质粒小提试剂盒、RNA提取试剂盒等。其它关于 二代测序 相关内容可以0512-62956104咨询。

更多产品内容请咨询:0512-62956104  或  18934597460


苏州阿尔法生物实验器材有限公司成立于2008年,位于苏州园区生物纳米园(Biobay)A5幢301室。公司管理团队专注于科学仪器行业十三年,拥有专业的技术团队与完善的售后服务体系,目前已为300余家实验室提供优质产品和服务,涵盖各大高校、医疗机构、检测中心、科研机构、制药企业等13个群体。提供的实验室仪器主要包括振荡培养箱,PCR仪,移液器,生物反应器,发酵罐,移液器,超低温冰箱,医用冰箱,液氮罐,高压灭菌器,超纯水机,天平,离心机,离心浓缩仪,生物安全柜等。厂商企业授权包括知楚仪器、朗基、中科美菱,梅特勒,乐枫,搏旅、NEST、天根、奥盛在内的80个余厂家。

  在提供产品的同时也为您提供生物实验室常用的耗材试剂,以及实验室整体搬迁、第三方检测、计量与校准,二手仪器调剂等服务。完整的实验室一站式体验使您的选择更加方便、快捷、灵活。 

  阿尔法性价比:一级代理;一手货源;进口品质,国产价格; 

  阿尔法交货期:自有仓库,标准品有库存,常规试剂耗材备有现货;  

 阿尔法服务项目:实验室现场规划,提供选型建议,合理化配置; 

  阿尔法售后服务:及时响应,2小时给出解决方案,12小时内响应服务。

  阿尔法增值服务:免费供样机体验,免费提供样品试用,免费安装指导,免费技术指导  

  阿尔法质保期:终身质保,免费更换配件

四张拼图

【相关推荐】

阿尔法推荐资讯

我们正青春

我们正青春

时值青春我们有什么资格不努力?风华正茂我们有什么理由不奋起?!
2021-09-30
瑞宁移液器吸头促销—开学季大礼包

瑞宁移液器吸头促销—开学季大礼包

瑞宁移液器开学季促销:买三送一,买十送一。
2021-08-31
细胞培养

细胞培养前景怎么样-细胞培养的机遇与挑战有哪些?

在制药行业,细胞培养已成为抗体生产的重要组成部分。细胞培养技术已被用于生产轮状病毒、脊髓灰质炎、天花、肝炎、风疹和水痘等相关抗体。基于细胞的流感抗体也已获准在美国和许多欧洲国家使用。那么细胞培养前景怎么样?
2022-03-08

咨询热线

0512-62956104