现代发酵工程工艺技术与以往的相比，也有着很大的改善，除了应用微生物进行发酵以外，目前还可以使用动植物细胞、酵素，来培养制作菌种发酵。当然，现代生物发酵工程技术采用的生物发酵设备不仅仅是通常的发酵罐，还被各种各样的生物反应器所代用。自动化的连续性普遍较高，这也是发酵工艺技术水平上的一种革新。